本論文研究之內容可概分為三大部分：一為對於憲政分權理論與權能區分理論作深入之探討；另一為將我國中央政府體制以「權」、「能」的標準作分析，檢視其是否符合「政權」與「治權」劃分之原則；最後則是以「權能區分」為理論基礎，建構出我國未來中央政府體制之發展取向。本論文計分六章：
第一章「緒論」：首先提及研究的動機與目的、研究之範圍與界定中央政府之意涵，此外亦說明本論文採取之研究方法。
第二章「憲政分權理論與權能區分」：共分二節敘述，首先探討西方分權理論制度之演進、三權分立之結構及其相互關係；其次闡明孫中山先生權能區分理論的原理、內涵以及權與能的關係，並說明權能區分理論之特色。
第三章「我國中央政府行使『權』的機關」：共分三節，第一節探討現行憲法中央政府行使「權」的機關，分別從「遺教」與制憲時期的相關文獻來檢視現行憲法中的國民大會、立法院與監察院之職權與功能；第二節則是探討三次修憲後「權」機關之組織與職權的演變，與中央政府「權」機關之結構變革；第三節說明「權」機關之意義及其建制，包括了國會體制的評析以及修憲後我國國會體制之取向等。
第四章「我國中央政府行使『能』的機關」：共分三節，首先為現行憲法中央政府行使「能」的機關之分析說明，包涵了總統與行政院、司法院與考試院四者，仍然以「遺教」中之設計以及制憲時期的相關文獻作為檢視之參考；其次探討修憲後中央政府行使「能」的機關其職權上與功能上之變革；最後則是以行政權體制說 明「能」之意義，並提出以權能區分為基礎之雙首長制度作為「能」機關發展取向之軸心。
第五章「第二階段憲政改革之芻議」：共分二節，第一節為憲政改革之原則，說明憲改必須符合憲政理論與重視成本效益，才能達到付出社會成本最少，而獲益最多的修憲目的；第二節則為中央政府軸心關係之調整，建構出以「權能區分」為基礎的雙國會與雙首長制度，並探討今後我國中央政府之功能關係，說明其未來之取向。
第六章「結論」：對本論文作一回顧，檢討現行制度與論文之缺失，並說明對未來之研究展望。
本文得以撰寫完成、進而付梓，首先要感謝指導教授朱諶老師的悉心指導與諄諄教誨，使我不僅學習了書本上的知識、更懂得做人的道理；而父母親經濟上與精神上的全力支持，則是促使我專心撰寫論文的主要力量。另外，一皋學長、美雲、明德熱心地提供資料與對我的鼓勵，在此致以由衷的謝意！最後，要感謝摯友米婷兩年來生活上的照顧與情感上的支持，沒有她的體貼與細心，本文不會如此順利地完成。