邵晉涵是乾嘉時期一位著名的文獻學家，從現存相關的資料來看，他一生著作甚夥，幾乎都在為整理古代之典籍文獻而努力貢獻，屬於注疏學的有《爾雅正義》、《孟子述義》、《榖梁古注》、《儀禮箋》；輯佚學有《舊五代史》、《九國志》等；目錄學作品有四庫史部提要；金石學有《續通志‧金石略》、《方輿金石編目》；方志學有《杭州府志》、《餘姚縣志》；編纂學有《南都事略》、《宋志》等。在他逝世後，門人子弟整理遺稿，刊行的有《南江札記》、《南江文鈔》、《南江詩鈔》。由此可見其一生著述之豐富，遍及文獻學各領域。
邵晉涵從小天資過人，讀書過三遍，即終身不忘。當時國史館收藏先朝的史冊數千本，總裁問其中某事，就馬上能回答「在某冊第幾頁中」，眾人皆驚訝其能，而以為神人。除了耳濡目染家族書香傳家的良好傳統，祖父的嚴格督促也養成他厚實的學問基礎。尤其家鄉浙東的學風，二雲自幼即「習聞嶯山、南雷諸先生緒論」，並深受啟迪，其學以陽明、嶯山、南雷三先生為宗，「每語一事，則亟稱三先生不置。蓋其學之所本，又心儀其人，而欲取以為法也。」邵晉涵自從科第中舉，就開始結交許多當代的著名學者，因此乾嘉學術的考據學風對二雲也產生了影響，他的治學精神雖為浙東學術嫡派，但是也沾染了考據的學風。
邵晉涵一生或在朝為官，或家居，或為幕賓，都在從事古典文獻的整理，他在文獻學領域所做的工作、成就與貢獻有：
一、注疏方面：
二雲重新疏釋《爾雅》，為《孟子》、《榖梁》、《儀禮》作箋注，著有《爾雅正義》、《孟子述義》、《榖梁正義》、《儀禮箋》，其中只有《爾雅正義》留存後世。此書之作，緣起於對邢昺《爾雅疏》的不滿，因此二雲創立六則注疏體例：校勘經傳文字、間采諸家古注、考補郭注未詳、博引證明郭注、辨別生物名實，又利用聲韻學知識訓釋《爾雅》，開啟清代《爾雅》學以聲韻研究之風。清代以後研究《爾雅》學者，其規模法度鮮有能出其外者，因此邵晉涵啟闢後學之功績最大。
二、輯佚方面：
邵晉涵在四庫館中有不少輯作，他根據《永樂大典》輯出了《舊五代史》、《洪範口義》、《洪範統一》、《兩朝綱目備要》、《性情集》、《臨安集》、《九國志》、《東南紀聞》。其中以輯出《舊五代史》影響最大，後世研究五代史事者，都必須取以為據，雖有檢討的聲音、重輯之計劃，但是當時若沒有二雲輯佚之功，以今存資料，是不可能再輯出一部比邵輯本更完整的《舊五代史》。邵晉涵輯佚書的貢獻，仍然功不可沒。
三、目錄方面：
邵晉涵在目錄學上的貢獻，是參與《四庫全書》的編修，並為《總目提要》的主要撰稿人之一。《四庫全書總目提要》是我國數千年來目錄學的集大成之作，二雲參與編纂的陣容，並撰寫史部多數的正史提要，考察史書之流變、版本、存佚、得失，對後人了解史書之流傳、版本、真偽、卷帙之離合有很大貢獻，為後人史評所取資。
四、金石方面：
邵晉涵在三通館編纂《續通志‧金石略》四卷，補充鄭志著錄之闕遺，金石考覈精詳謹慎，重視證據，每考一碑，必定按照各省所上原始拓本，若證據不足，寧可疑而不定。此外又保存了散佚難稽之金石碑目，不令其淪亡，實有功於金石學甚大。
五、方志方面：
邵晉涵所主修《杭州府志》時，徵引許多舊志資料，對保存杭州舊志之史料貢獻很大。清光緒以後，杭州歷任知府續纂《杭州府志》，其著書體例都以《乾隆志》為藍本。民國續修府志，除了因應時代所創設的新篇外，其體例也是承襲《乾隆志》之舊，可見邵晉涵編纂的《乾隆志》對後代續修者影響之深。
六、編纂方面：
邵晉涵參與編纂《四庫全書》、《續通志》，又奉詔編纂官書《八旗通志》、《萬壽盛典》、國史、起居注，在官方歷史的編纂上貢獻卓著。二雲又鑒於元修《宋史》之史料闕漏、記載誤謬，而且體例粗略、褒貶失當，因此著手重修《宋史》，纂成《南都事略》，《宋志》雖尚未卒業，然其所留下的宋代史料亦足寶貴，為後來研究《宋史》者所取資。
邵晉涵弟子雖多，然而真正能傳承其學術者，卻寥寥無幾。根據記載有名可考者有孫爾準、戴聯奎、章宗源、章貽選、章廷楓、朱錫庚等人。孫爾準，嘉慶十年進士，官至閩浙總督，著有《泰雲堂集》，與陳壽祺、胡敬相交甚篤，胡敬稱孫爾準能紹繼二雲之事業，「文靖得師經史之學，敷為章奏；得師文藝，作為詩歌；得師立品之超，見事之明，以莅官行軍，卓然媲古大臣風烈。是先生之業，文靖為盡得其傳，先生可以無憾。」戴聯奎為乾隆四十年進士，少從二雲受經學，以清節自厲，歷任內閣學士、左都御史、禮部尚書、兵部尚書。此外，章宗源傳承二雲輯佚之事業。章貽選為章學誠之子，章廷楓則學誠族子，朱錫庚是朱筠子，三人並為二雲之弟子，然皆未見著作，〈南江學案〉僅存其姓名，而無事蹟可稱述。
邵晉涵是清代傑出的文獻學家，在他生前擁有顯赫的學術地位。經學的傳注、史學的輯佚、目錄的撰著，皆深受時人的讚譽與推崇。然而因為他許多學術的著作與計畫未及完成就與世長辭，而且也沒有培養出能繼承發揚其學說的弟子，因此黃雲眉感嘆在二雲歿後不到百年，學術界已經罕聞其聲名。兩百多年後的今日，對於邵晉涵的研究仍然為數不多，了解其文獻成就、學術思想者，更數寥寥。其身後聲名之寂寥，與其生前被稱為經史大師、文獻大家之情況，實不可同日而語。筆者學識固陋，難免有疏舛處，但願能為邵晉涵之研究盡一份心力，使其學術能更加彰顯。

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