陳確處在明末清初易主鼎革的變動時期，通過批判明末空談天道性命的玄虛之弊，倡導棄虛蹈實的思想。理欲關係上，他試圖消融傳統理欲對立，肯定人欲的存在，主張天理出於人欲；其次，陳確肯定私利，反對以公抑私的態度，進而從道德要求主張讀書、治生不可偏廢；人性論上，他以氣為善，反對宋儒割裂人性，從根源義、實踐義肯定性善。總結來說，陳確學說以「實踐」為要，存在著瓦解對立的圓融色彩，成為明清之際的重要思潮。

第一章：緒論。說明本文的研究文本，寫作態度，說明陳確思想的轉變，以及師事劉蕺山的影響。

第二章：討論陳確對「人欲」的肯定。傳統儒學中，「欲」多半被歸屬於負面義，大致的趨向總是要防止欲的橫流，阻止欲在人們的生命中扮演主導的角色，而陳確卻一反常態，對「欲」抱持著肯定的態度，這也是使其理欲關係有所改變的最重要因素。本章先分別討論天理與人欲的意義，再進而討論陳確的新理欲觀。

第三章：延續著對人欲的肯定，私利亦是人欲的一環，本章先說明陳確對於「私」的肯定，並進一步說明對「私利」的態度。陳確主張君子有私，並能推擴出去以利人達人，其次，陳確支持合理的私利，進而強調「讀書以治生為本」，必須先確保治生無虞，而後才有道德學問的可能。

第四章：說明陳確對「氣」的肯定，進一步分析其人性論。做為與理對立的氣，宋明諸儒多以氣之濁為人之惡的來源，氣是一被治的對象。本章先說明陳確論氣的浩然至剛，並以氣善推論性善，分析陳確的一體全善的人性論。

第五章：陳確強調工夫實踐的重要，從前述四章可知其學說是站在反省傳統理學的立場，在工夫論上亦然。本章先論述陳確工夫論的特色，其次，分析陳確對朱子、陽明、蕺山工夫論的繼承與改造，進而說明其良知之學與具體的下學工夫。
第六章，總結全文，針對本文內容進行回顧與整理。最後再針對本文之不足進行檢討。

一、古籍（依照時代排列）
《戰國策》：西漢‧劉向集錄，上海：古籍出版社，1985年。
《通書》：宋‧周敦頤著，上海：古籍出版社，2000年。
《易傳》：宋‧程頤著，台北：學生書局，國學要籍叢刊，1967年。
《河南程氏遺書》：宋‧程顥著，北京中華，1981年。
《四書集註》：宋‧朱熹著，台北：文津出版社，1985年。
《朱子文集》：宋‧朱熹著、陳俊民校編，台北：德富文教基金會，2000年。
《論語或問》：宋‧朱熹著，東京：中文出版社，1977年。
《朱子語類》：宋‧朱熹著，台北：華世出版，1987年影印新校標點本。
《晦庵集》：宋‧朱熹著，台北：臺灣商務印書館，1986年。
《二程子語錄》：宋‧朱熹著，台北：中國子學名著集成編印基金會，1978年。
《北溪先生字義》：宋‧陳淳著，台北：中文出版社近世漢籍叢刊，1972年。
《傳習錄》：明‧王陽明著，台北：台灣商務印書館，1965年。
《劉子全書》：明‧劉宗周著，台北：華文，1968年。
《陳確集》：清‧陳確著，北京：中華書局，1979年。
《十駕齋養心錄》：清‧錢大昕著，台北：台灣商務印書館，1956年。
《明儒學案》：清‧黃宗羲著，台北：明文書局，1991年。
《十三經注疏》：清‧阮元校勘，京都：中文出版社，1971年。
《荀子集解》：清‧王先謙著，台北縣：藝文印書館，1977年。
《鮚埼亭記．外編卷八》：清‧全祖望續修，四庫全書集部別集類，上海古籍出版社據嘉慶九年史夢蛟刻本影印，2002年。

二、學位論文（依照時代排列）
周麗楨《陳乾初思想之研究》，國立高雄師範學院國文研究所碩士論文，1989年。
袁光儀《晚明之儒家道德哲學與世俗道德範例研究—劉蕺山《人譜》與《了凡四訓》、《菜根譚》之比較》，國立台灣師範大學國文研究所碩士論文，1979年。
陳熙遠《時代思潮與轉折點上的異數─陳確思想試析》，國立臺灣大學歷史研究所碩士論文，1991年。
王綉瑜《陳乾初處世思想探析—以素位、葬論為中心的討論》，國立台灣師範大學國文研究所碩士論文，1993年。
劉清泉《陳確批判傳統理學的思想探究》，國立清華大學中文所碩士論文，1997年。
蔡恆海《陳確思想研究》，國立彰化師範大學國文研究所碩士論文，2003年。
薛台光《陳確生死思想研究》，中國文化大學哲學研究所碩士論文，2005年。
楊于萱《陳確人性論研究》，國立中央大學中國文學研究所碩士論文，2007年。

三、近人著作（依照姓氏筆畫排列）
王瑞昌《陳確評傳》，南京：南京大學出版社，2002年。
王俊義、黃愛平《清代學術文化史論》，台北：文津出版社，1999年。
古清美《明代理學論文集》，台北：大安出版社，1990年。
牟宗三《心體與性體（一）》，台北：正中書局，1999年。
牟宗三《心體與性體（二）》，台北：正中書局，2005年。
牟宗三《心體與性體（三）》，台北：正中書局，2005年。
牟宗三《中國哲學的特質》，台北：學生書局，1994年。
牟宗三《從陸象山到劉蕺山》，台北：學生書局，1979年。
牟宗三《圓善論》，台北：學生書局，1985年。
牟宗三主講 盧雪崑整理《周易哲學演講錄》台北：聯經出版社，2005年。
何冠彪《明清人物與著述》，台北：台灣商務印書館，1996年12月。
李振綱《證人之境—劉宗周哲學的宗旨》，北京：人民出版社，2000年。
余英時《中國思想傳統的現代詮釋》，台北：聯經出版社，1987。
林師安梧《人文學方法論：詮釋的存有學探源》，台北：讀冊文化，2003年。
林聰舜《明清之際儒家思想的變遷與發展》，台北：學生書局，1990年。
周志文《晚明學術與知識分子論叢》，台北：大安出版社，1999年。
侯外廬《中國早期啟蒙思想家》，北京：人民出版社，1956年。
唐君毅《中國哲學原論‧原教篇》，台北：學生書局，1985年。
唐君毅《中國哲學原論‧原道篇》，台北：學生書局，1978年。
唐君毅《中國哲學原論‧導論篇》，台北：學生書局，1986年。
徐復觀《中國人性論史：先秦篇》，台北：台灣商務印書館，1969年。
張麗珠《清代義理學新貌》，台北：里仁書局，1999年。
張麗珠《清代的義理學轉型》，台北：里仁書局，2006年。
張麗珠《清代新義理學─傳統與現代的交會》，台北：里仁書局，2003年。
梁啟超《中國近三百年學術史》，台北：中華書局，1987年。
陳來《宋明理學》，台北：洪葉文化事業有限公司，1994年。
黃敏浩《劉宗周及其慎獨哲學》，台北：學生書局，2001年。
勞思光《中國哲學史》第三冊，友聯出版社，1983年。
詹海雲《清初學術論文集》，台北：文津出版社，1992年。
詹雲海《陳乾初大學辨研究--兼論其在明末清初學術史上的意義》台北：明文書局，1986年。
葛兆光《中國思想史‧第二卷—七世紀至十九世紀中國的知識、思想與信仰》上海：復旦大學出版社，2000年。
葛榮晉《中國哲學範疇導論》，台北：萬卷樓圖書有限公司，1993年。
楊儒賓、祝平次編《儒學的氣論與工夫論》，台北：台大出版中心，2005年。
鄧立光《陳乾初研究》，台北：文津出版社，1992年。
蔡仁厚《儒家心性之學論要》，台北：文津出版社，1990年。
鄭宗義《明清儒學轉型探析—從劉蕺山到戴東原》，香港：中文大學，2000年。
劉述先《黃宗羲心學的定位》，台北：允晨書局，1986年。
劉述先《儒家思想意涵及現代闡釋論集》，台北：中研院中國文哲研究所籌備處，2000年。
錢穆《中國近三百年學術史》，台北：台灣商務印書館，1957年。
龔鵬程《晚明思潮‧自序》，台北：里仁書局，1994年。

四、期刊資料（依照姓氏筆畫排列）
王汎森〈明末清初的人譜與省過會〉，《中央研究院歷史語言所研究所集刊》，第63卷3期，1993年7月，頁679-712。
王中江〈中國哲學中的「公私之辨」〉，《哲學與文化》27卷第5期，民89年5月，頁467-478+511。
古清美〈談陳乾初與黃梨洲辯論的幾個問題〉，《幼獅學誌》第十七卷，第四期，1983年5月，頁69-87。
余英時〈士商互動與儒學轉向—明清社會史與思想史之一面相〉，郝延平、魏秀梅主編，《近世中國之傳統與蛻變：劉廣京院士七十五歲祝壽論文集》上冊，台北：中央研究院近代史研究所，1998，頁3-52。
辛冠潔〈鮮享盛名的清代學壇明珠—陳確〉，《清代學術論叢》第一輯，中山大學清代學術研究中心編，文津出版社，2001年10月，頁265-279。
辛冠潔〈陳確三論—陳對程朱理學的三次發難〉，《論中國哲學史—宋明理學討論會論文集》浙江：浙江人民出版社，1983年，頁237-256。
周麗楨〈晚明釋德清與陳乾初對「大學」知行問題之儒佛詮釋〉，《華梵人文學報》第一卷，民92年7月，頁167-208。
林保淳〈舊命題的全新架構—明清之際的經世思想〉，《幼獅學誌》第19卷4期，1987年10月，頁170-192。
姜廣輝〈陳確思想研究〉，《中國哲學史》第1-2期，1996年。
胡元玲〈朱熹思想中「存天理去人欲」之研究〉，《國立臺灣師範大學國文研究所集刊》44卷，民89年6月，頁179-266。
陳育民〈明末及清代義理學的哲學問題一個對傳統「理欲觀」的重新思考〉，《語文學報》第12卷，民94年12月，頁251-261。
陳弱水〈中國歷史上「公」的觀念及其現代變形：一個類型的與整體的考察〉，《政治與社會哲學評論》7卷，民92年12月，頁87-144。
楊國榮〈從義利之辯到理欲之辯〉，《孔孟月刊》第32卷11期，頁17-22。
傅武光〈孔子的公私經濟觀〉，《國文天地》24卷第2期，民97年7月，頁46-48。
》第38卷，民95年12月，頁65-104。
張立文〈中國傳統理欲觀的發展及其現代轉化（上）（下）〉，《中國文化月刊》，民82.2。
鄭宗義〈黃宗羲與陳確的思想因緣之分析—以陳乾初先生墓誌銘為中心〉，《漢學研究》第14卷2期，1996年12月，頁59-74。
劉述先〈從典範的轉移看當代中國哲學思想之變局〉，《哲思雜誌》第1卷1期，1998年3月。
蔡仁厚〈天理人欲之疏通去礙〉，《東海大學學報》，頁82-92。
蔡家和〈黃宗羲與陳確的論辯之研究〉，國立台灣大學哲學論評，第35卷，民97年3月，頁1-35。
嚴健羽〈陳確的哲學思想〉，《論中國哲學史—宋明理學討論會論文集》浙江人民出版社，1983年，頁216-236。