元賢在明末佛教史中佔有一席之地，雖然也受到學者的關注，但是一直缺乏完整性的研究。本文對元賢作了全面性的研究，以期較完整呈現元賢的生平思想，彌補過去相關研究的不足。
從元賢生平事蹟的考察，可以知道，他是個積極入世的禪僧。元賢對於當時佛門的弊病，並不只於亂象的揭露與批評，而是實際投入於佛教復興的工作。他以鼓山為基地，展開佛教的復興事業。有鑑於明末僧風的濁惡，元賢不以勢力擴充為目的，而致力於僧團素質的提升，不僅提倡戒律，也重視僧眾的教育與德行的啟發。
除了建寺安僧外，元賢亦深謀遠慮於鼓山的永續經營。他改變傳統寺院以寺田為主的經濟型態，採多元化的方式經營鼓山。這不僅使鼓山在以小農為主的中國社會裡，避免了與民爭田的問題，同時也讓鼓山更具開放性、更切合民眾的宗教需求。對於具備禪特質者，施予禪修的鍛鍊；具有淨土傾向者，給予念佛法門的指導；期望皈依受戒者，開堂授法、傳授戒律；對經典教義有興趣者，印經流通、往復討論；希望捐輸納福者，接受奉獻；需要經懺助念者，應允承接；鼓山呼應著人們對宗教的不同需求，成為一個綜合型態的寺院。
至於對寺院與政治關係的處理，鼓山在復興之初，就自覺的不捲入反清與擁清的政治鬥爭中。雖然擁有強而有力的護持者，對於佛教復興工作有莫大的幫助，特別是在戰亂的時代裡。但是卻也不免捲入爭鬥，失卻宗教超然的地位。元賢拒絕作政治意向的選擇，雖然因此失卻相關的資助，使得復興的步履更顯艱困，但實不失為一明確的決策。
另外值得一提的是，元賢將世法與佛法視為一體的思考。他認為法運的衰頹來自於世運的坎坷，於是積極於人心的轉化、風俗的改變，希望透過人心整體的轉變以改變世風、扭轉世運，在世運隆盛之際，法運自然也就興盛了——這是元賢的思考。佛教在元賢處，不再是隱遯深山、離群索居的出世宗教，而成為與時並進、發揮教化功能的入世佛法。衲僧也不只是為個人求解脫的自私自利，而成為社會救濟、移風易俗的推手。元賢隨緣應世、低調沈穩，隱而不隱的弘法哲學，在明末混亂的時代裡，為僧伽的應世，樹立了良好的典範。
此外，元賢在佛寺與僧史的編纂上，投入了相當多的心血。雖然相關的研究很少論及，但對於佛教史料的保存，無疑地具有相當的貢獻；而其恢弘古德典範的苦心，亦在其中。
鼓山湧泉在明末以後，成為東南大道場，台灣的佛教源流亦多來自於鼓山。由鼓山之興，可以證明元賢的方向是正確的，他為鼓山的永續經營定下了穩固的基礎。
在思想上，元賢對於「禪」始終有著徹底的堅持。對於心性，元賢重視心的虛空靈寂，強調心之知為空寂之知。因此元賢的禪只能從心的冥契與逆覺體證上說，他不認為文字可以契於般若，反對各種形式化、義理化的禪；主智路線不是他禪的進路，將禪視為文字遊戲，更是他所痛斥的。對於禪，元賢要求切實的參究、徹底的證悟，即便是對禪學宗旨的探究，也要強調是徹見本心本性之後的事。元賢真參實修的強調、素樸簡約的禪法，為明末紛亂的禪界，注入了一股清流，並且回歸了慧能禪的基本精神。
元賢雖然是個禪師，但是並不排斥其他教法。他重新肯定戒律的地位，在以戒律重整僧團的同時，亦透過戒律與世俗倫理的接軌，擴大了佛教戒律的教化功能。關於淨土，元賢不僅認同念佛的可行性，並具體提出一套完整的修行方法，為淨土的實踐提供一條可依循的進路。他也以簡單淺顯的文字，疏解佛教經藏，使得佛典更具可讀性、義理更加通暢。他以兼容並蓄的態度，廣納所有的教法在自身的思想體系中。但是對於元賢而言，無論是戒律、淨土，乃至諸善行，都只是禪法的前行方便。所有的修持，都必須被深化到禪悟的階段才有意義；所有的經教，都是禪師個人禪悟經驗的註腳。元賢在回應時代宗教融合需求的同時，對於禪門的立場又有著一定的堅持。因此即便他註經說教、倡律談淨，元賢徹始徹終都是個禪者。
元賢以儒入釋的背景，使他對於明末三教會通的問題，具有回應的能力。他反對混融的三教說，嚴格的區分儒釋道的異同。他在批評儒道缺失的同時，更以佛教義理改造儒道思想，並進一步範圍二家於佛教的體系中。元賢的會通，實是就著佛教立場而說，而且態度強勢堅決。因為在他看來，儒道總是有其理論的缺陷與不足，會通是救儒道而非救禪，唯有透過佛理的引入，會通才有機會成為可能、理論也才有希望臻於圓滿。這樣的會通，或許難以得到儒道二學的認同，但是他對自家學說的自信、續佛慧命的熱忱，是絕對值得肯定的；而其對會通所做的努力，亦有思想史之價值。
元賢的整個生命都與時代有著密切的呼應，他在堅持禪法純正性的同時，以應化利世的慈悲情懷，成就廣納多元的思想、發為救世工作的熱情。對於明末佛教而言，元賢的地位與貢獻，是無庸置疑的。

編排說明：
1.參考書目以論文中曾徵引論及者為主。
2.先列「元賢著作」，再列「藏經書目」、「古籍書目」，後續「近人著作」與「日文著作」。
3.引用經藏版本為：
《大正藏》：1983年修訂版，台北：新文豐出版公司。
《嘉興藏》：1988年台一版，台北：新文豐出版公司。
《卍續藏》：1977年，台北：新文豐出版公司。
《大正藏補編》：1984-1986年，台北：華宇出版社。
《佛教大藏經》：1978年，台北：佛教書局。
《中華大藏經》：1982-1983年，台北：修訂中華大藏經會。
4.《近世漢籍叢刊‧思想四編》版本為：1984年，日本京都：中文出版社。
《中國佛寺史志彙刊》第二輯版本為：1994年，台北：丹青圖書出版公司。
《中國佛寺志叢刊》版本為：1996年，揚州：江蘇廣陵古籍刻印社。
5.元賢著作依照性質排列，以語錄文集、經典註疏、教學著作、合集、燈錄、寺志為序。
6.經藏書目先依編纂朝代排序、再依經藏收入目次排列。
7.古籍書目依照編纂者年代排序。
8.近人著作與日文著作部分，先照作者筆畫排列，再依著作年代作排序。並列專書、論文、期刊等所有資料，同一作者之同年之各筆資料，依序在出版年後以a，b，c等表示。
9.電子資料庫依照資料庫名稱編排。
一、元賢著作
《禪餘內集》 《近世漢籍叢刊‧思想四編》8冊
《禪餘外集》 《近世漢籍叢刊‧思想四編》8冊
《鼓山晚錄》 《近世漢籍叢刊‧思想四編》9冊
《最後語》 《近世漢籍叢刊‧思想四編》9冊
《楞嚴經略疏》 《卍續藏》23冊
《金剛經略解》 《卍續藏》39冊
《般若心經指掌》 《卍續藏》42冊
《四分戒本約義》 《卍續藏》63冊
《律學發軔》 《卍續藏》106冊
《淨慈要語》 《卍續藏》108冊
《禪林疏語考證》 《卍續藏》112冊
《永覺元賢襌師廣錄》 《卍續藏》125冊
《建州弘釋錄》 《卍續藏》147冊
《繼燈錄》 《卍續藏》147冊
《泉州開元寺志》 《中國佛寺史志彙刊》第二輯第8冊
《靈光北禪事蹟合刻》 《中國佛寺志叢刊》106冊
《鼓山志》 《四庫全書存目叢書‧史部‧地理類》235冊

二、經藏書目
《華嚴經》 《大正藏》10冊
《佛說阿彌陀經》 《大正藏》12冊
《佛說觀無量壽經》 《大正藏》12冊
《佛說無量壽經》 《大正藏》12冊
《治禪病祕要法》 《大正藏》15冊
《楞嚴經》 《大正藏》19冊
《五分律》 《大正藏》22冊
《梵網經》 《大正藏》24冊
《牟子理惑論》 漢‧牟融 《大正藏》52冊
《大乘起信論義疏》 晉‧慧遠 《大正藏》44冊
《摩訶止觀》 隋‧智顗 《大正藏》46冊
《釋禪波羅蜜次第法門》 隋‧智顗 《大正藏》46冊
《袁州仰山慧寂禪師語錄》 唐‧仰山慧寂 《大正藏》47冊
《筠州洞山悟本禪師語錄》 唐‧洞山良价 《大正藏》47冊
《瑞州洞山良价禪師語錄》 唐‧洞山良价 《大正藏》47冊
《撫州曹山元證禪師語錄》 唐‧曹山本寂 《大正藏》47冊
《撫州曹山本寂禪師語錄》 唐‧曹山本寂 《大正藏》47冊
《鎮州臨濟慧照禪師語錄》 唐‧慧照 《大正藏》47冊
《臨濟錄》 唐‧臨濟義玄 《大正藏》47冊
《禪源諸詮集都序》 唐‧圭峰宗密 《大正藏》48冊
《宗寶本壇經》 唐‧法海輯 《大正藏》48冊
《高僧傳》 梁‧釋慧皎 《大正藏》50冊
《法苑珠林》 唐‧道世 《大正藏》53冊
《傳述一心戒文》 唐‧光定 《大正藏》74冊
《圓覺經大疏鈔》 唐‧圭峰宗密 《卍續藏》14-15冊
《雪峰義存禪師語錄》 唐‧雪峰義存 《卍續藏》119冊
《鼓山神晏禪師語錄》 五代‧興聖國晏 《卍續藏》118冊
《汾陽無德禪師語錄》 宋‧汾陽善昭 《大正藏》47冊
《圓悟語錄》 宋‧圓悟克勤 《大正藏》47冊
《佛果圜悟禪師碧巖錄》 宋‧重顯頌古、克勤評 《大正藏》48冊
《無門關》 宋‧無門慧開 《大正藏》48冊
《宏智禪師廣錄》 宋‧天童正覺 《大正藏》48冊
《萬善同歸集》 宋‧永明延壽 《大正藏》48冊
《禪林寶訓》 宋‧淨善重集 《大正藏》48冊
《景德傳燈錄》 宋‧道原 《大正藏》51冊
《傳法正宗記》 宋‧契嵩 《大正藏》51冊
《人天眼目》 宋‧智昭 《卍續藏》64冊
《智證傳》 宋‧惠洪覺範 《卍續藏》111冊
《臨濟宗旨》 宋‧惠洪覺範 《卍續藏》111冊
《重編曹洞五位顯訣》 宋‧宋慧霞編 《卍續藏》111冊
《十牛圖頌》 宋‧廓庵 《卍續藏》113冊
《祖庭事苑卷》 宋‧睦庵善卿編 《卍續藏》113冊
《禪林僧寶傳》 宋‧惠洪覺範 《卍續藏》137冊
《僧寶正續傳》 宋‧祖琇 《卍續藏》137冊
《五燈會元》 宋‧普濟 《卍續藏》138冊
《林間錄》 宋‧惠洪覺範 《卍續藏》148冊
《佛祖歷代通載》 元‧念常 《大正藏》49冊
《敕修百丈清規》 元‧東陽德輝編 《大正藏》48冊
《釋氏稽古略》 元‧覺岸 《大正藏》49冊
《密圓禪師語錄》 明‧密雲圓悟 《嘉興藏》10冊
《密藏開禪師遺稿》 明‧密藏道開 《嘉興藏》23冊
《雲棲法彙》 明‧雲棲袾宏 《嘉興藏》32-33冊
《神鼎雲外禪師澤語錄》 明‧神鼎雲外 《嘉興藏》33冊
《佛法金湯編》 明‧岱宗心泰 《嘉興藏》111冊
《弘戒法儀》 明‧漢月法藏 《卍續藏》106冊
《十牛圖頌》 明‧胡文煥編 《卍續藏》113冊
《五宗原》 明‧漢月法藏 《卍續藏》114冊
《天童和尚闢妄救略說》 明‧潭吉弘忍 《卍續藏》114冊
《見如元謐禪師語錄》 明‧見如元謐 《卍續藏》125冊
《無明慧經禪師語錄》 明‧無明慧經 《卍續藏》125冊
《無異元來禪師廣語》 明‧無異元來 《卍續藏》125冊
《湛然圓澄禪師語錄》 明‧湛然圓澄 《卍續藏》126冊
《紫柏尊者別集》 明‧紫柏真可 《卍續藏》126冊
《紫柏尊者全集》 明‧紫柏真可 《卍續藏》126冊、127冊
《宗門或問》 明‧湛然圓澄 《卍續藏》127冊
《宗門設難》 明‧麥浪懷明 《卍續藏》127冊
《憨山老人夢遊集》 明‧福善日錄、通炯編輯 《卍續藏》127冊
《慨古錄》 明‧湛然圓澄 《卍續藏》133冊
《釋氏稽古略續集》 明‧幻輪 《卍續藏》133冊
《增集續傳燈錄》 明‧文琇 《卍續藏》142冊
《憨山大師年譜疏》 明‧福善日錄、福徵述疏 《大正藏補編》14冊
《靈峰宗錄》 明‧智旭 《大正藏補編》23冊
《吳都法乘》 明‧周永年 《大正經補編》34冊
《五宗救》 明‧潭吉弘忍 《佛教大藏經》110冊
《黃蘗無念禪師復問》 明‧黃蘗無念 《中華大藏經》第二輯40冊
《金剛經百家集註大成》 明‧明太祖等 台北：普門文庫，1982年5月
《金剛經集註》 明‧朱棣集註 台北：文津出版社，1992年
《三峰藏和尚語錄》 明‧漢月法藏 台北：新文豐出版公司，1993年
《天界覺浪道盛禪師全集》 清‧覺浪道盛 《嘉興藏》34冊
《寶鏡三昧本義》 清‧荊溪行策 《卍續藏》111冊
《古今圖書集成．釋教部彙考》 清‧陳夢雷等編 《卍續藏》113冊
《五家宗旨纂要》 清‧三山燈來 《卍續藏》114冊
《揀魔辨異錄》 清‧雍正皇帝 《卍續藏》114冊
《御選語錄》 清‧雍正皇帝選 《卍續藏》119冊
《為霖道霈禪師秉拂語錄》 清‧為霖道霈 《卍續藏》125冊
《為霖道霈禪師還山錄》 清‧為霖道霈 《卍續藏》125冊
《南宋元明禪林僧寶傳》 清‧自融撰、性磊補輯
《卍續藏》137冊
《五燈嚴統》 清‧費隱通融編 《卍續藏》139冊
《法門鋤宄》 清‧淨符
《卍續藏》147冊
《宗統編年》 清‧紀蔭編 《卍續藏》147冊
《禪燈世譜》 清‧木陳道忞編
《卍續藏》147冊
《居士傳》 清‧彭紹升編 《卍續藏》149冊
《黃檗清規》 日‧師木庵性校閱、高泉性潡編修 《大正藏》82冊

三、古籍書目
《文始真經》，舊題：周‧尹喜，《道藏精華》第三集之一，台北：自由出版社，1989。
《四書集註》，宋‧朱熹，台北：藝文出版社，1974。
《王陽明全書》，明‧王陽明，台北：正中書局，1954。
《焚書/續焚書》，明‧李贄，台北：漢京文化事業股份有限公司，1984。
《皇明嘉隆兩朝見聞錄》，明．沈朝陽，台北：台灣學生書局，1985。
《苑署雜記》，明‧沈榜，北京：北京古籍出版，1980。
《萬曆野獲編》，明‧沈德符，《筆記小說大觀》15編，台北：新興書局，1988。
《袁宏道集箋校》，明‧袁宏道著、錢伯城箋校，上海：上海古籍出版社，1981。
《劉子全書》，明‧劉宗周，台北：華文書局，1968。
《五雜組》，明‧謝肇淛，台北：新興書局，1971。
《明徑山方冊本刻藏緣起》，明‧陸光祖等，《書目類編》50冊，台北：成文出版社，1978。
《明史紀事本末》，清‧谷應泰，台北：三民書局，1985。
《新校明通鑒》，清‧夏燮，台北：世界書局，1962。
《明史》，清‧張延玉等修，台北：中華書局，不著出版月。
《鼓山志》，清‧黃任，《中國佛寺史志匯刊》第一輯，49-50冊，台北：明文書局，1980。
《南雷文定》，清‧黃宗羲，台北：台灣中華書局，1971。
《南雷文案》，清‧黃宗羲，四部叢刊本，臺北：台灣商務印書館，1967。
《明儒學案》，清‧黃宗羲，《黃宗羲全集》7冊，杭州：浙江古籍出版社，1992。
《二十二史劄紀》，清‧趙翼，台北：世界書局，不著出版年月。
《國朝耆獻類徵初編》，清‧李桓輯，《清代傳記資料叢刊》58冊，台北：明文書局，1985。
《明遺民錄》，清‧孫靜菴，杭州：古籍出版社，1985。
《牧齋初學集》，清‧錢謙益，上海：上海古籍出版社，2003。
《牧齋有學集》，清‧錢謙益，上海：上海古籍出版社，2003。
《天下郡國利病書》，清‧顧炎武，台北：老古出版社，1981。
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六、電子資料庫
CBETA 電子佛典資料庫 中華電子佛典協會http://www.cbeta.org/index.htm
印順法師佛學著作集 印順文教基金會出版——光碟版Ver.2.0
故宮寒泉古典文獻全文檢索資料庫 陳郁夫撰寫http://210.69.170.100/s25/index.htm