清代的宗教政策既是民族政策的一環,也是文化政策的重要組成部分。清朝扶助藏傳佛教中的黃教(格魯派)作為其撫綏蒙古的精神武器。蒙古原始信仰是北亞民族的共同信仰—薩滿,但因其無系統理論,故後被取代。蒙古信仰黃教得力於俺答汗與三世達賴喇嘛,因人民厭戰及殉葬等落後風俗,故黃教盛行。
清朝從入關前的太祖、太宗就尊崇喇嘛以拉攏蒙古,但也對蒙古佞佛
提出警示子孫之語,成為清代皇帝一貫的宗教政策;世祖提出「崇儒重道」國策,聖祖制定十六條聖訓則強化黜邪崇正的宗教觀,對佛、道、回、民間秘密宗教一以貫之,但因治蒙故支持黃教,由於接觸多,在心態上已漸產生對黃教的信仰,不過仍秉持祖訓不佞佛;世宗提出聖諭廣訓表明清代統治者的宗教政策, 對各宗教既定不變,其較喜禪宗,但出於治蒙及對黃教的喜好,因此仍對黃教表示支持與尊崇,在政策使用及內心深處則有所抑制,特別是世宗確立因其教不易其俗的原則;高宗秉持祖訓,徹底實踐,運用巧妙,對各宗教尊重,但有管理限制,更「因俗而治」以黃教解決許多邊疆問題,更改革黃教,完成建立民族聯合生命共同體的理想。
在清太祖、太宗時期,以尊崇黃教表明護法立場使漠南蒙古與黃教世界傾向滿洲。後清朝邀五世達賴晉京,漠北蒙古進貢,又因噶爾丹侵犯,在哲布尊丹巴提議下內附清朝。此外,準噶爾威脅西北邊防,康熙、雍正皆以「黃教護法主」身分征討,乾隆時利用內亂解決準噶爾,用「振興黃教」作號召,使其他蒙古地區不致為亂。蒙古和碩特部因五世達賴之請移居青海,後因準噶爾侵襲內亂,清朝助其解決,又羅卜藏丹津叛,清以其「敗壞黃教」為名征討收復。漠西蒙古杜爾伯特因準噶爾侵略而於乾隆時附清,土爾扈特則因與俄習俗宗教不同,不堪受欺及追求宗教自由而歸國投清。西藏問題在清政府治蒙宗教政策中所扮演的角色非常重要,從三藩之亂、真假達賴喇嘛之爭、準噶爾犯藏被逐、六世班禪朝覲、廓爾喀之役、金瓶掣簽各問題的逐步解決,清朝不僅安定蒙古,也可直轄統治西藏。
盛清諸帝之黃教政策對蒙古的影響對蒙古社會經濟變遷的影響有正負兩面,如人口無法增長,經濟成長緩慢,改變落後野蠻習俗等。至於蒙古文化藝術發展與黃教政策的關係,則表現在建築、醫學、教育等各方面。

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