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研究生: 林明慶
論文名稱: 含胸腺嘧啶(T)環三股核酸動力學探討
指導教授: 黃文彰
學位類別: 碩士
Master
系所名稱: 化學系
Department of Chemistry
畢業學年度: 85
語文別: 中文
論文頁數: 92
中文關鍵詞: 自旋-晶格緩解時間相關緩解時間
論文種類: 學術論文
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  • 三股DNA一般而言,最先是在細菌染色體末端發現,由於形成三股DNA 時,必須要質子化Cytosine(C+),且受到鹽類濃度影響,是以形成dC-dG-dC+及dT-dA-dT的穩定構形的條件是比一般雙股要來的嚴苛。
    目前對分子結構學的研究方式,主要是利用X-ray以及液態NMR等工具。但是X-ray的環境條件,只可在晶體結構下測量,故無法得知在不同狀態下,分子的運動方式;而液態NMR則由於受到水分子撞擊的影響,使DNA分子以很大幅度的轉動以及振動方式運動。這和我們所要探討分子的內部細微運動模式不同。是以,我們使用固態NMR之氘-寬光譜來測量在不同濕度下,三股DNA分子的自旋-自旋緩解時間(T1)、自旋-晶格緩解時間(T2e)、相關緩解時間(Tc)以及Line-shape的電腦模擬。
    本實驗使用的樣品,部份是由中央研究院甘魯生博士所提供含腺嘧啶(T)環之單股d(AGAGAG)、d(TCTCTCTTTTCTCTCT)所合成之三股DNA,並按照其所發表合成此三股的監類狀態來測量不同相對溼度下的氘寬光譜。再進一步利用電腦模擬出不同運動模式、速率下的光譜圖形,以期達到最接近真實運動模式的探討。
    希望透過此次實驗的探討,將DNA分子的運動模式找出,能對其他生實驗有所幫助。

    We are utilized solid-state deuterium NMR spectroscopy to reveal the dynamical nature of DNA structure.Two model system were in used .The first triplex model system, namely d(A)6 .d(T)6, which consists of d(AAAAAA) & d(TTTTTT).The other triplex model system, namely d(AG)3.d(CC), which consists of d(AGAGAG) & a - folded d(TCTCTCTTTTCTCTCT).This model system allow us to only single-stranded & triplet-stranded DNA.For both triplex model compounds, all purine CH8 of the central strand were exchanged by deuteron.
    At all levels of hydration, the data reveal the presence of a rapid, small-amplitude liberation of the base (τc ……≦1ns, 3o~10oamplitude).At the higher hydration levels(82% relative humidity or higher), the results indicate the presence of a much slow motion (τc~10-100μs).The 2H NMR results were analyzed with a dynamical model which treats the oligonucleotide as a deformable filament & which can include collective torsional fluctuation.The slow motion observed at high hydration levels is attributed to the uniform twisting model.

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