多年來人們研究明末清初思想，多順著梁啟超的《中國近三百年學術史》的理路思考，認為此時的思想將成為清代樸學的先驅，但我們詳察此刻的思想史，有一部分如顧炎武等儒者確實如此，但有一部分學者，如孫奇逢、李顒、顏元、傅山等北方儒者，卻有著迥異於南方學者的學風，這在百泉、在丹楓閣都形成一股風氣，這幾位大儒，風格氣質也不相同，如孫氏平易樸拙如北方大地的氣息，二曲苦行堅毅在黃土高原上幽居隱逸，顏元最為決絕，與千百年學問一刀兩斷，可說是懸崖撒手之徒；這裡面際遇最複雜，生命最最精采，文采最靈動的，學問最多樣，便是傅山。如何形成像傅山這樣的人物，又傅山的學問到什麼境界，很吸引人探索。一些研究傅山的學者，似乎將傅山定位在反傳統的這一個位置，這在某些層面無疑是正確的；但卻無法說明其中的一些問題；也很喜歡將清初的思想當作乾嘉樸學的先驅；若是不符合這一潮流者，經常屏棄不論，這樣子經常無法看到學術的全貌；而也就是這樣傅山有些思想內涵就無形中被抹殺了。
　　近幾十年來，許多學者都指出晚明時期，中國社會經歷著巨大的社會與文化變遷，伴隨著商品經濟在城市與鄉村不斷蔓延，一般民眾的教育水準也隨之提高，一種新的城市文化隨之產生，高彥頤指出：士紳與工商、男性與女性、道德與娛樂、公眾與私人、哲學與行動、虛幻和真實這些傳統的二元區別變的模糊不清。這是社會結構的變化，影響到每個人的內在思惟；於是就有了一種擺脫傳統的思潮在萌芽，這恐怕欲商品經濟關係密切，且晚明以來社會經濟的發達，政治對於文化的控制力量較小，於是整個社會文化有著多元化的傾向。
　　傅山的思想的獨特性就是他依舊接著晚明的路數前進，與清初顧炎武、黃宗羲、王夫之對晚明文化大作批判，卻不知他們自己是受到晚明這種思潮灌溉而成的，錢穆就說「明清之際，學者流風餘韻，猶往往沿東林。以言學術思想承先啟後之間，固難判劃。」。就是說清初學術某種程度還是沿襲，晚明與清初二者之間除了朝代更替，並無其他社會結構的巨大改變。於是並不能截然割斷。而傅山的思想是自覺的發現了晚明思潮的價值，且對於思想發展與解決當代問題的重要意義，不像顧黃王諸儒抹殺了晚明思想的意義。單看徐世浦的這段敘述，就知道晚明文化活潑的景況，這樣活潑的氣息，必須在社會、學術外圍，消解掉一種一元、權威武斷的思維，這就是經學與道統兩個觀念，傅山的眼光能夠超越顧黃王的地方，就在於他不是像顧黃王一面要求徵實，卻將徵實走上了經學一路，一面又對晚明的多元活潑思想表現出極大的不諒解，還將明亡的責任歸給晚明文化，他們可以說視野均不如傅山。
　　何況傅山又遭逢天崩地解的甲申國變，非但是改朝換代，又是外族入主。知識分子可謂創鉅痛深。經歷了明清鼎革的學者，總是在反省著明清興替的真正原因，這個問題制約著他們的思想。對此這種種變化，體會的最為敏感者，感受最為深切者，也往往是最為痛苦的。但是時代的不幸，往往也是哲人的大幸；哲人的處境變了，心情也就變了，跟隨著，思想也就變了。若一位哲人的思想義理深邃，具有強烈啟發性，就會感動當代與後世的人，或思想符合時變，能解決時代病痛，也就能與當時代的人們相呼應；形成一股風潮。對這些問題的解答，傅山有極突出、劃時代的看法。
　　然而就思想史的角度看，像馮友蘭所說，中國在漢代之後進入了「經學時代」，對於「五經」可說是亦步亦趨，不敢有絲毫懷疑。即使宋儒以心性感悟為工夫，主張「六經皆我註腳。」仍然不敢跨過經學這道門檻。而尤有甚者，是將「經學」與「天理」牢牢結合，賦予其形上意義，王陽明似有要突破「經學」桎梏，卻仍拘於傳統儒學的聖賢境界，不敢大開大闔，橫掃前人迷障。傅山要突破這深入人心的經學傳統，他採取了一些他人未嘗用過的手段；首先他對於一些經學的內部爭議，皆置之不論，舉凡「今古文之爭」、「漢宋學之爭」等惹得儒者爭議不休的問題，他都顯得意興闌珊。接著是「遣」，他將佛學思想上的兩邊不執，「實相」的觀點運用的十分巧妙；我們在分析傅山思想諸論之中，經常可以看到傅山思想有一種矛盾的現象，常認為這是不是傅山因人生轉變而導致其思想轉變，但有時發現未必如此，他往往有一種既矛盾又統一的思想，何以傅山喜歡如此，就在於破執，這是有強烈的時代意義。
　　傅山承襲了不同的思想，又超越於這些思想之外。這樣子就可以免除於落於門戶的危險。於是楊向奎說「佛、道、程朱陸王對他都發生過作用，他的思想來源是龐雜的。」又說：「傅青主挺然而出，於學無所不能，出入老莊而雜以禪釋，非荀墨，斥程朱而說氣在理先，故未可以儒家樊籬者。」他又極博學，諸子百家、書畫詩文、醫藥百藝不所不通，也不怕人家說他學問雜。他對學問的態度也是取中有遣，對「諸子」「三教」餐采，對「醫藥」不拘成法，對文學「秦漢」「唐宋」雙遣，對書法「學古」「變古」融為一爐，對繪畫「神似」「形似」打成一片。傅山這一種「遣」的程度或境界是超越於當時調停程朱、陸王學派之爭的學者。如當時寫學術史的學者，難免侷限在這個牢籠之中，孫奇逢也不喜歡理學門戶，但他仍拘束在理學道統之中，他寫《理學宗傳》，還將其中某些不合其義理標準的理學家如張九成、楊簡、王畿、羅汝芳、周汝登等列為補遺；而即使是有史學素養的黃宗羲，對儒學內部門戶已較為寬容，卻依舊自限於儒學門戶，他編《明儒學案》對於何心、顏鈞、李贄等人都不列入學案；也顯現出他的侷限性。傅山卻不然，他不忌諱異端，將哲學多元化，並以平等的態度看待；他博注諸子，並且認為諸子之中有高妙的道理，他評點注疏《金剛經》、《楞嚴經》，對佛學有很高的造詣。
　　傅山對於諸子佛道這樣看重，顯現出一種對於「經學」權威的反抗，想將那不能質疑的「經學」傳統拉下。況且傅山研究諸子與佛道取得了巨大的成就。然傅山研究諸子佛道，與清代乾嘉以考據為主的方法不同，因為若將諸子也當作權威，一味尊崇，那與宗經重古的思想就沒有兩樣。於是傅山研究子學不落入經學的附庸，也不採取經學的考據法，把子學當作一門獨立的學問，且在評點之際，溢出了子書原先的文本思想，吐露了傅山的獨特的思想傾向，或思想內涵。且傅山不落入漢儒以來家言的牢籠，掃除門戶的界限，經常將諸子百家相互註解，相互印證，甚且與佛教會通，顯現出一種相融通的思想特色。這所顯現出來的「子學」就不是先秦諸子的思想，而是具有強烈傅山觀點，或是時代精神的諸子學了。
　　就因為在這一種風氣底下，傅山對於佛道的研究有超乎時代的獨特見解，十分精采，他主張儒釋道三者應該相互闡述，不可各畫門戶，互相批評。傅山對於會通三教花了較多的工夫，也有突破晚明以來一味求融通、而時有扭曲的思想，傅山對於宗教是相信的；只是即便相信，他也不離世俗，不遠離人間，傅山的宗教思想體現了強烈的入世性格。於是他論佛教時認為「不斷情慾」，論道教時「神仙只在人事中」，論莊子「世出世有」「隱而不隱」，將「真」與「俗」打成一片，傅山迥異於其他諸儒，是他不認為佛道諸子會帶給儒學多少消極性的影響，於是不侷限於傳統儒學的窠臼，也不一味回歸於先秦，傅山與朱熹不同，朱熹認為「理」在「氣」先，「理」是宇宙人生的本體，是萬物形下「理」的大總攝、總根源。舉凡形下文學藝術、經世政治、社會經濟、修養工夫的最圓滿狀態就是「理」，縱然朱熹承認「理」管不住「氣」，「理」主宰不了「勢」，史書中盡是相打、人間多是陰暗，但朱熹依舊想藉由讀書窮理的修養工夫，盡人文化的努力，使萬事萬物能回歸到「理」的高度。傅山不同，傅山不認為「理」是本體，他認為「氣」在「理」先，這樣的「理」就是器質形下的，是屬於經驗世界的，不是屬於先驗世界的。於是此「理」自不具有規範性，當然也不具有主宰性，更不需要藉由宋明理學嚴格的工夫論，來與此「理」相應；傅山認為此一「理」更接近於先秦經典，屬於形下事理，而不是形上義理。
　　「理」既然由「氣」所得出，就必須探索「氣」的內涵，「氣」由「陰」「陽」所構成，「陰」「陽」其實是相反形質的表法，傅山不主一端，主張相互調和，進而引申為「善」「惡」皆能圓成。然此一「氣」也非實有，於是傅山由佛道老莊思想中體認到「無」的宇宙根源，此「無」也烙印於人間世中；於是傅山的思想中有一種根源義，與郭象「自然」「自生」思想不同，傅山認為有了「無」根源萬物才能「歸根復命」，傅山的工夫論時而圍繞於此。否則屬於形下之道的「理」，若各是其是，萬物豈不皆不能感通相融，如郭象的「自生」、公孫龍子的「二無一」都不是傅山所欣賞的。傅山此處揭櫫了來自佛教的「實相」與來自莊老的「無」，由此使形下的「理氣」可以有根源來回歸。但是傅山「無」之一義，又非純粹之「無」，是兼涵「有」「無」的「無」，這就採取了佛教的實相義，因為佛教不偏於「有」也不偏於「無」，「有」「無」皆遣，一切不住就是宇宙根源，這就造就了傅山的學術觀，傅山於諸子思想中突顯了一種「餐采」與「雙遣」的思想，就是這種佛教「實相」思想的反映。於是傅山能以批沙汰金，解黏去執的態度開創思想新局，傅山較重視開新，不重視復古，也不是「以復古為創新」，顯然不是顧炎武的路數，他不去尋求儒學的原始性與純粹性；他似乎想將儒釋道百家之學既融會又遣去，以歸於「無」，或歸於「實相」之非有非無；於是他有許多思想都獨具慧識；因為對於前人，尤其是宋明儒者的觀點都能全盤遣去，於是傅山對於宋明理學，尤其是程朱一系所提出的「理」最不以為然；他舉出「氣先於理」，就是對形上之「理」的反對，他認為形上之「理」為「無」，就好像佛教提出的「緣起性空」一般，認為宇宙的本體是「無」，毫不能主宰萬物，也不是人生修養論的根源，人生修養工夫也不必要回歸到宇宙本體那一邊去，這就顯現出極大的解放性；那麼「理」為何物？理是觀察萬物所成的「經驗之理」，也就是「氣」之「理」；「理」絕對不是先驗的。然而「理」若非先驗，萬物豈不相為隔絕，無法融通，若是如此，就形下而言如郭象一般「自生」「自然」，就形上而言，就如公孫龍子，「二無一」，將概念形上化，將概念與概念間分別過嚴，無法統一； 然而傅山反對這樣，他認為萬物是有一根源的，傅山認為「有」的本質是「無」，一切的「有」都是佛教所說「意識」所變現的，其實質性為「無」，
其本身為「無」，變現為萬有。由於傅山的「無」並非全「無」，而是一種非有非無的「實相」，於是就產生「實相生三世」的思想，這樣就像層層羅網相互攝入的華嚴世界，此處正是傅山由無入有，由真入俗的關鍵，傅山一切形下的學問由此開啟，一切入世的學問也從此展開；這是一套前人沒有走過的理論創見，已超越了泰州學派的思想範圍與深度。於是傅山開展了由俗諦見真諦、由勤行崇有體悟先天未畫的境界。傅山體現出的華嚴世界是入世的，是欲不斷滅，情不枯寂的；富有忠孝情操，重視人間倫理；這一些原與佛教空寂涅槃、枯淡宗風甚不相契合，傅山卻由此轉入，肯定情慾，傅山不管對那一層次的情都相當肯定，諸如他的愛國情感、孝親情感、即使對萬物的情感，他是一位親民愛人的醫者，論養生就特別重視一位醫者愛人的胸懷，他於明清鼎革之際，選擇隱而不隱，隱而不隱的思想正透露了傅山不能遠離人群的情感；雖然說泰州學派也有重視世俗情感的層面，傅山除了由佛教真俗一義入手，也由泰州學派庸言庸行轉入，能由宋明理學寡欲佛教禁欲翻而成肯定情慾，這種思想深度是極難能可貴的。他提出了「由有而入」的看法，肯定形下世界，依舊是「不離常行日用內，直造先天未畫前。」的境界。而終極處就是「見而不見」之說；「見」是「有」的境界，「不見」是「無」的境界，「覺」是「無」的境界，「效」是「有」的境界，由「有」而入，最終達成「非有非無」的實相境界。
而傅山此處的由「有」而入轉而變成事功，人若問宋明理學豈非也崇有？傅山思想與宋明理學有何差異？宋明理學所主張的功利，頭上安頭，還綁縛著一神聖之「理」字，隨時隨地受到「理」之一字的制約，無法甩開手腳，無法審時度勢，因此就歷史實況而言，無法建立事功。這一點陳亮早對朱熹作了深刻的批判。傅山較推許王陽明，並非個人偏愛而已，乃是陽明的本體思想不執一理，即所謂「無善無惡心之體。」，於是面對形下事功之時，自然能夠不受先驗之理的障蔽，能憑良知心氣直接發用，靈活運用，審時度勢，建立事功。然陽明的良知依舊是形上，與傅山的「理」不同，傅山的「理」是形下，這也就是傅山更不受束縛，更能大膽的突顯外王事功的地方。
傅山「實相」觀點也體現在文學方面，傅山以杜甫詩的境界為佛境界，學詩如學佛，就是杜甫無處無物不能入詩，餐采各種形象，也擺脫各種法度，傅山將學杜詩譬喻為學佛，也就是解黏破執，回歸到杜甫未成詩的境界，於是傅山又主張「依傍不依傍」，「法而法無法」的思想，這也體現在書畫思想當中，傅山書法思想學古中有變古，正中有奇，漢隸屬「無」，唐楷屬「有」，「有生於無」又在此處萌芽，養生中有重視陰陽辨證，補虛合宜，不偏一隅。且靈活運用，不拘成法，也與宇宙論相應。
　　總之，傅山思想往往凸顯了一種不離俗諦而證真諦的思想，也常有極新鮮的觀點，傅山特別重視事功，反對奴氣，為文行醫、寫字作畫，皆不依傍前人，又富有愛國思想；講求春秋大義，都反映出時代的特點，並對思想作了近一步的發展。重視權謀不拘死法，又提倡很具有時代的針對性。他為妓女作傳，為畸人寫文，平等博愛；傅山的思想能夠衝破世俗羅網，體現出一種對庸俗世間的輕蔑、傳統禮教的批判，開創出一種較為活潑的思想新局。近代學者認為明清之間有一股實學的思潮，若我們論思想在實際人生的作用，傅山絕對具有關鍵性地位。

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