本論文欲探討日治時期臺灣海港檢疫制度建立之過程。根據檢疫實施機關的更迭，可將海港檢疫制度的發展可分成三大階段：(一)無檢疫專責機關時期：發軔期(1895-1899)、(二)海港檢疫所時期：草創期(1900-1910)以及(三)隸屬於港務機關時期：定制期(1911-1945)。

海港檢疫機構與警察系統關係密切，因此在疫病流行時，得以快速指揮警察人力協助檢疫工作。公醫制度是殖民地衛生行政上特有之制度，港口地區的在勤公醫平時就須協助海港檢疫；當境外爆發傳染病疫情時，亦須立刻支援事務繁重之檢疫工作。海港檢疫制度與警察系統、公醫制度緊密結合，是日治時期臺灣海港檢疫制度成功要件之一。

另外，本論文亦關注「檢疫與商業」、「檢疫與戰爭」兩大議題。本論文發現，總督府在防疫政策上雖然常居主導地位，不過商業組織有時為避免利益損失擴大，通常也會採取降低損失的應變措施，如此的應變措施有時不但會改變總督府原先檢疫措施的規劃，甚至成為定制、形成海港檢疫制度中的一環。

此外，戰時臺灣海港檢疫措施得當，不僅使臺灣免受惡疫入侵，成功的臺灣「防疫經驗」亦在日本政府有意推動下輸往中國地區。相對於戰爭期間海港檢疫之成效，戰後初期衛生行政當局輕忽檢疫工作，因而導致1946年中旬以後傳染病大舉入侵臺灣，成為228事件的導因之一。不過政府衛生部門在此次之回應經驗當中，逐漸反省出因應本島衛生環境的特色性，由於此一體系及時建立，才有辦法因應1949年以後大量大陸移民遷入臺灣，疫病入侵流行的不幸事件，得以不再重演。

一、官方統計資料與研究報告
1. 近衛師團軍醫部，《近衛師團軍醫部征臺衛生彙報》，1896年。
2. 高雄州，《高雄州管內概況及事務概要》，1928-1939年。
3. 高雄州港務務部編，《檢疫統計表》，1939年。
4. 基隆市衛生課，《基隆市衛生概況》，1935、1937、1938年。
5. 臺灣公醫會編，《臺灣の衛生狀態》，1910年。
6. 臺灣省行政長官公署統計室，《臺灣五十一年來統計提要(1894-1945)》，臺北：臺灣省行政長官公署，1946年。
7. 臺衛新報社編，《臺灣衛生年鑑》，1932年。
8. 臺灣總督府，《臺灣統治概要》，1945年。
9. 臺灣總督府，《臺灣總督府公文類纂》，1896-1936年。
10. 臺灣總督府，《臺灣總督府職員錄》，1902-1944年。
11. 臺灣總督府，《臺灣總督府法規提要》，臺北：臺灣日日新報社，1912年。
12. 臺灣總督府民政部衛生課，《臺灣衛生概要》，1913年。
13. 臺灣總督府民政部衛生課，《臺灣衛生法規》，1900年。
14. 臺灣總督府民政部衛生課，《明治29年臺灣ペスト病流行紀事》，1897年。
15. 臺灣總督府民政部衛生課，《明治31年臺灣ペスト病流行紀事》，1900年。
16. 臺灣總督府官房文書課，《臺灣衛生須知》，1908年。
17. 臺灣總督府官房文書課，《臺灣政治綜覽》，1908年。
18. 臺灣總督府官房文書課，《臺灣總督府事務事務成績提要》，1901-1944年。
19. 臺灣總督府官防統計課，《臺灣總督府統計書》，1931-1940年。
20. 臺灣總督府警務局，《大正8、9年コレラ病流行誌》，1922年。
21. 臺灣總督府警務局，《臺灣總督府警察沿革誌》，1939年。
22. 臺灣醫學會編，《臺灣衛生法規類集》，1918年。
23. 臺灣警察協會，《警察法規(上)》，臺北：臺灣警察協會，1936年。
二、公報、報紙及雜誌
《中央日報》(1945-1950年)
《新生報》(1946-1950年)
《臺灣新報》( 1897-1899年)
《臺灣日日新報》(1898-1942年)
《臺灣時報》(1898-1945年)
《臺灣統計協會雜誌》(1903-1917年)
《臺灣總督府府報》(1897-1944年)
《臺灣警察時報》(1930-1943年)
《臺灣警察協會雜誌》(1917-1929年)
《臺灣醫學會雜誌》(1902-1945年)
三、時人論著
1. ________，《法軍侵臺檔》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第192種，1964年。
2. ________，《法軍侵臺檔案補編》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第204種，1964年。
3. ________，《述報法兵侵臺紀事殘輯》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第253種，1968年。
4. ________，《欽定平定臺灣紀略》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第102種，1961年。
5. ________，《臺灣人士鑑》，臺北：興南新聞社，1943年。
6. 大園市藏，《臺灣年鑑》，臺北：臺灣通信社，1943年。
7. 大園市藏，《臺灣人物誌》，臺北：谷澤書店，1916年。
8. 丸山芳登，《臺灣の衛生事情と其保健生活法》，1929年。
9. 井出季和太，《臺灣治績志》，臺北：臺灣日日新報社，1942年。
10. 水野遵，《征蕃私記》，手抄本，1929年。
11. 石川忠一，《臺灣警察要論(全)》，臺北：新高堂書店，1926年。
12. 吉川學，《實務指針防疫事務撮要》，東京：文光堂書店，1942年。
13. 羽鳥重郎、荒井惠，《通俗臺灣衛生》，1917年。
14. 林豪，《東瀛紀事》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第8種，1957年。
15. 竹越與三郎，《臺灣統治志》，根據1905年排印本影印。臺北：成文出版社，1985年。
16. 周元文，《重修臺灣府志》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第66種，1958年。
17. 周璽，《彰化縣志》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第156種，1962年。
18. 高木周次，《衛生公佈類纂》，大阪：柳員喜兵衛，1880年。
19. 高拱乾，《臺灣府志》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第65種，1950年。
20. 阮旻錫，《海上見聞錄》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第24種，1958年。
21. 郁永河，《裨海紀遊》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第44種，1959年。
22. 黃叔璥，《臺海使槎錄》，臺北：臺灣銀行經濟研究室編，臺灣文獻叢刊第4種，1957年。
23. 落合泰藏，《明治七年征蠻醫誌》，日本軍醫部，1887年。
24. 黎烈文譯，《法軍侵臺始末》，臺北：臺灣銀行經濟研究室，1960年。此書原著是E. Garnot, L’Expedition francaise de Formosa, 1884-1885. Paris: Ch. Delagrave, 1894.
25. 藤崎濟之助，《臺灣全誌》，東京：中文館書店，1930年。
26. 藍田俊郎，《臺灣海港檢疫史》，臺北：臺北州港務部檢疫課，1936年。
27. 藍田俊郎、星武，《臺灣海港獸類檢疫史》，臺北：臺北州港務部檢疫課，1936年。
28. 鷲巢敦哉著，《臺灣警察四十年史話》，臺北：作者自印，1938年。
四、近人論著
A.專書
1. 小田俊郎，《臺灣醫學五十年》，臺北：前衛出版社，1995年。
2. 丸山芳登，《日本領時代に遺した臺湾の医事衛生業績》，横浜：丸山芳登，1957年。
3. 片山邦雄，《近代日本海運どアジア》，東京：御茶の水書房，1996年。
4. 日本厚生省公眾衛生局編，《檢疫制度百年史》，東京：ぎょうせい，1980年。
5. 曲廣田、王毖主編，《日語漢字辭典》，臺北：五南圖書出版社，2005年。
6. 行政院衛生署編，《臺灣地區公共衛生發展史》二冊，臺北：行政院衛生署，1995年。
7. 行政院衛生署編，《臺灣地區公共衛生發展史大事記》，臺北：行政院衛生署，1999年。
8. 行政院衛生署檢疫總所編印，《臺灣地區檢疫五十年》，臺北：行政院衛生署檢疫總所，1996年。
9. 見市雅俊、齋藤修、脇村孝平、飯島涉編《疾病、開発、帝国医療》東京：東京大学出版会，2001年。
10. 宋明昌、陳曉楓等主編，《中國國境衛生檢疫法學》，北京：法律出版社，1994年。
11. 李騰嶽編纂，《臺灣省通志稿政事志衛生篇》第一、二冊，臺北：臺灣省文獻委員會，1953年。
12. 范燕秋，《疫病．醫學與殖民現代性－日治臺灣醫學史》，臺北：稻鄉出版社，2005年。
13. 高雄市文獻委員會，《高雄市志 港務篇》，高雄：高雄市文獻委員會，1958年。
14. 基隆市文獻委員會，《基隆市志 衛生篇》，基隆：基隆市文獻委員會，1954年。
15. 基隆港務局，《基隆港》，基隆：基隆港務局，1946年。
16. 黃秀政、張勝彥、吳文星，《臺灣史》，臺北：五南出版社，2002年。
17. 陳淑芬，《戰後之疫─臺灣的公共衛生問題與建制(1945-1954)》，臺北：稻香出版社，2000年。
18. 飯島渉，《ペストと近代中国》，東京：研文出版，2000年。
19. 趙恩源編著，《國際檢疫學》，基隆：基隆國際港埠檢疫所印，1973年。
20. 趙恩源，《船員疫學調查研究》，臺北：基隆國際港埠檢疫所，1979年。
21. 劉匯湘，《日據時期臺灣警察之研究》，臺北：臺灣省警務處，1952年。
22. 戴寶村，《近代臺灣海運發展》，臺北：玉山社出版事業股份有限公司，2000年。

B.學位論文
1. 范燕秋，〈日據前期臺灣之公共衛生─以防疫為中心之研究( 1895-1920)〉， 國立臺灣師範大學歷史研究所碩士論文，1994年
2. 黃昇璋，〈日治時期臺灣《特別輸出入港》之研究〉，國立中央大學歷史學研究所碩士論文，2007年。
3. 黃靜嘉，〈日本帝國主義下臺灣殖民地法制與殖民統治〉，政大政治研究所碩士論文，1989年。
4. 謝振榮，〈日本殖民主義下臺灣衛生政策之研究〉，臺北：文化大學日文研究所碩士論文，1989年。
5. 鍾淑敏，〈日據初期臺灣總督府統治權的確立(1895-1906)〉，臺大歷史研究所碩士論文，1989年。
6. Liu, Shi-yung, “Medical Reform in Colonial Taiwan,” University of Pittsburgh, Ph.D. Dissertation, 2000.
7. Joseph Charles Wicentowski, “Policing Health in Modern Taiwan, 1895-1949”, Harvard University, Ph.D. Dissertation, 2007.

C.期刊論文
1. 內海孝，〈傳染病と國家‧外國人‧不潔的構圖(下)〉《歷史學研究》第640卷(東京：青木書局，1992年12月)。
2. 江燦騰，〈日據前期基隆港市崛起與變遷之背景考察〉，《臺北文獻》82(1987年12月)，頁145-188。
3. 吳文星，〈新渡戶稻造與日本治臺之宣傳〉，《日據時期臺灣史國際學術研討會論文集》(臺北：國立臺灣歷史學系，1992年)，頁32-41。
4. 洪連成，〈永遠的基隆山之戀〉，《文化視窗》第39期(南投：台灣省政府文化處，2002年)。
5. 范燕秋，〈鼠疫與臺灣之公共衛生(1896-1917)〉，《國立中央圖書館臺灣分館館刊》1:3(臺北：國立中央圖書館臺灣分館，1995年3月)，頁59-84。
6. 范燕秋，〈新醫學在臺灣的實踐（1898-1906）：從後藤新平《國家衛生原理》談起〉，《新史學》9:3(臺北：1998.9)，頁49-84。
7. 陳君愷，〈光復之疫：臺灣光復初期衛生與文化問題的鉅視性觀察〉，《思與言》31:1(臺北：思與言雜誌社，1993年3月)，頁111-138。
8. 蔡采秀，〈港口「檢疫」與資本主義對身體的控制〉，《醫學、殖民主義與社會變遷研討會會議論文》(東京大學東洋文化研究所中國經濟史研究所主辦、中央研究院臺灣史研究所籌備處協辦，1998年5月)。
9. 飯島涉，〈霍亂流行與東亞防疫體制─香港、上海、橫濱、1919年〉，岀自《上海與橫濱─近代亞洲兩個開放城市論文集》(上海：東華師範大學出版社，1997年)，頁430-459。
10. 劉士永，〈「清潔」、「衛生」與「保健」--日治時期臺灣社會公共衛生觀念之轉變〉《中央研究院臺灣史研究》8:1(臺北：中央研究院臺灣史籌備處，2001年10月)，頁41-88。
11. 劉翠溶、劉士永，〈臺灣歷史上的疾病與死亡〉《中央研究院臺灣史研究》4:2(臺北：中央研究院臺灣史研究籌備處，1999年6月)，頁89-145。
12. 鄭俊彬，〈臺灣光復前後基隆港檢疫業務實施的問題〉，《臺北文獻直字》144(臺北：臺北市文獻委員會，2003年6月)，頁97-125。
13. 蔣竹山〈評介Bubonic Plague in Nineteenth Century China〉《新史學》9:3(臺北：新史學雜誌社，1998年9月)，頁247-257。
14. 戴文峰，〈「海關醫報」與清末台灣開港地區的疾病〉，《思與言》33:2， 1995年6月，頁157-213。