本論文以日據總前期總督府防疫工作為探討核心，目的在究明臺灣公共衛生建立的獨特歷史背景與意義，並分析其深遠影響。
本文除緒論及結論之外，分為四章，第二章首先探討臺灣亞熱帶瘴癘風土對日人殖民施政所造成的衝擊，及部督府因應鼠疫施行之應急防疫措施面臨的困境，再者。說明由於 1898年後藤新平來臺擔任民政長官，對殖民地衛生工作有何重要意義與轉機。
第三章、分析1898年起總督府對防疫工作之規劃。由於近代防疫工作之成效，係建基於衛生行政組織與醫療制度之適當規劃，並重視環境衛生之預防性工作，同時仰賴民間社會之協調配合，因而，擬討論此三方面之推展，著重總督府在科學殖民政策下，如何針對臺灣風土與社會的獨特性，採取適切之措施。
第四章、分析總督府主要防疫工作一鼠疫之撲滅與瘧疾防治之推展。由於八人法定傳染病中以鼠疫流行最為嚴重，其流行期長達二十餘年；而瘧疾居初期臺、日人疾病死亡數之第一位，乃危害最大的風土病，因而兩種疾病乃前期總督府防疫工作的核心。而防疫之分析則側重流行病學研究、官方策略以及社會動員三方面。
第五章、評估防疫工作之成效，及其影響。分析公共衛生對殖民政治與經濟之價值，及其對臺灣社會文化變遷之影響。
第六章、結論，除對全文作綜括性說明之外，提出殖民體制下臺灣公共衛生之性質及其侷限。