本文以晚清江陰縣的南菁書院為研究核心，分析南菁書院與晚清學術和教育發展的關係，並藉此觀察民初學人其學術根基中的傳統面向，以及對現代學術和教育變革的適應面貌。江陰縣從晚明以來便是江蘇省學政駐節之地，歷來也成為江南的學術重鎮，並發展出許多重要的書院，其中，乾嘉時期的暨陽書院正是代表。然而隨著太平天國的戰火威脅，江陰縣各處的文教機構也遭致破壞。戰後，在同治中興一連串的地方文教重整的運動中，南菁書院在學政黃體芳（1832－1899）與總督左宗棠（1812－1885）的倡建與支持下，成為江南地區新興的文教重心。嗣後，繼任的王先謙（1842－1917）和山長黃以周（1828－1899）不斷推動各項學術和教育活動，使南菁書院培育了許多晚清民初的飽學士子，其中，黃以周的「實是求事、莫作調人」更成為書院教育的治學宗旨，並影響南菁書院出身的士子甚鉅，也引起胡適（1891－1962）對南菁書院的關注。
除了導論與結論外，第二章觀察江陰的學術空間及南菁書院成立的時空背景和過程，並聚焦討論黃體芳與左宗棠等人對於江陰文教秩序重整的實踐，以及南菁書院建制背景中的教化意義。第三章分析王先謙、黃以周等人的學術理念和教學實踐，本章藉由探討王氏發放《勸學瑣言》、編纂《皇清經解續編》、《南菁書院叢書》，以及黃氏在書院內的教學和課作文本的刊刻等各種文教活動，從而釐清王黃二人如何將江陰縣與南菁書院建構成江南的學術重鎮。第四章則從南菁書院學生的求學札記、日記和課作等文字為線索，來描述他們在書院生活的真實面貌以及書院山長對他們的影響。
經由本文的研究，將可理解晚清士人如何在地方文教機構上推廣自身認同的學術理念，從而在學術研究和教育實踐上適應時代的變遷。

一、史料（依筆劃排列）
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韓星，《儒教問題－爭鳴與反思》，西安：陝西人民出版，2004。
羅志田，《權勢轉移：近代中國的思想、社會與學術》，武漢：湖北人民，1999。
蘇雲峰，《張之洞與湖北教育改革》，台北：中央研究院近代史研究所，1976。
釋東初，《中國佛教近代史下冊》，台北：東初出版社，1974。
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（二）西文專書
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Bol, Peter K. "This Culture of Ours": Intellectual Transitions in T'ang and Sung China. Stanford, California: Stanford University Press, 1992.
Lejeune, Philippe. Le Pacte autobiographique. Paris: Seuil, 1996.
Elman, Benjamin A. A Cultural History of Civil Examinations in Late Imperial China. Berkeley: University of California Press, 2000.
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Elman, Benjamin A. From Philosophy to Philology: Intellectual and Social Aspects of
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（三）中、日文期刊
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王汎森，〈清初思想中形上玄遠之學的沒落〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》，69本3分，1998年，頁557-587。
王汎森：〈日譜與明末清初思想家——以顏李學派為主的討論〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊卷期》，69本2分，1998年6月，頁245-294。
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王媛，〈曾國藩、李鴻章、洪汝奎等致張文虎函札〉，《文獻季刊》，期2，2009年4月，頁145-150。
王繼訓，〈清代學田個案研究〉，《齊魯學刊》，期2，2004年，頁59-63。
成文浩、孫文學，〈清代山西書院空間分布的統計分析〉，《晉陽學刊》，期4，2007年，頁35-37。
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艾爾曼（Elman, Benjamin A.），〈中國文化史的新方向：一些有待討論的意見〉，《臺灣社會研究季刊》期12，1992年5月，頁1-25。
艾爾曼（Elman, Benjamin A.）著；車行健譯，〈學海堂與今文經學在廣州的興起〉，《湖南大學學報( 社會科學版)》，卷20，期2，2006年3月，頁13-20。
何冠彪，〈「六經尊服、鄭，百行法程、朱」──惠士奇紅豆山房楹帖問題考釋〉，《台灣師大歷史學報》，期38，2007年12月，頁29-68。
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吳偉明，〈胡適與《水經注》研究〉，《清華學報》，卷27，期2，1997年6月，頁239-256。
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商瑈，〈求是與求實——黃式三的論語學〉，《興大中文學報》，期21，2007年6月，頁25-57。
張勁松，〈鄉紳與地方書院關係的一種觀察——以晚清敷陽書院學田經營為例〉，《南京曉莊學院學報》，期2，2009年3月，頁104-110；124。
張雪梅，〈湖南學政江標與校經書院藏書樓〉，《圖書館》，期4，2009年，頁41-43；67。
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張壽安，〈打破道統‧重建學統——清代學術思想史的一個新觀察〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，期52，頁53-112。
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溝口雄三著、賀躍夫譯，〈中國與日本「公私」觀念之比較〉，《二十一世紀》總第21期，1994年2月，頁85-97。
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虞萬里，〈正續清經解編纂考〉，載《學術集林》，卷4，1995年，頁179-212。
鄒建達、熊軍，〈清代觀風整俗使設置研究〉，《清史研究》，期3，2008年8月，頁101-108。
鄒振環，〈日記文獻的分類與史料價值〉，收入《復旦史學集刊‧第一輯(古代中國：傳統與變革)》，上海：復旦大學出版，2005。
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劉景純，〈清代西安、蘭州和太原的書院分布與選址〉，《中國歷史地理論叢》，卷21，輯3，2006年7月，頁94-101。
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劉廣京、周啟榮，〈皇朝經世文編關於經世之學的理論〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，期15，1986年，頁33-99。
劉德美，〈清季的學政與學風、學制的演變〉，《台灣師大歷史學報》，期17，1989
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墨子刻（Metzger, Thomas A.），〈中國近代思想史研究方法上的一些問題——一個休謨後的看法〉，《近代中國史研究通訊》，期2，1986年，頁38-52。
潘光哲，〈追索晚清閱讀史的一些想法：「知識倉庫」、「思想資源」與「概念變遷」〉，《新史學》，卷16，期3，2005年9月，頁137-170。
鄭國民，〈道爾頓制教育在中國實驗的啟示〉，《北京師範大學學報(社會科學版)》，期3，2003年，頁48-55。
鍾彩鈞，〈羅整菴的經世思想與其政治社會背景〉，《中國文哲研究集刊》，期8，1996年11月，頁197-226。
蘇雲峰，〈康有為主持下的萬木草堂〉，《近代史研究所集刊》，期3，1972年12月，頁421-455。

（四）學位論文
吳明吉，〈戰後初期《國語日報》之研究（1948-1954）〉，桃園：國立中央大學歷史研究所碩士論文，2012年。
易正義，〈從民間出發：民國初年的中等教育改革 1912～1926〉，台北：中國文化大學博士論文，2009年。
林岳儁，〈清代科舉旅費之研究——以賓興組織為探討主軸〉，台北：淡江大學歷史研究所碩士論文，2002年。
竺靜華，〈王先謙經學之研究〉，台北：國立台灣大學中國文學研究所博士論文，2008年。
竺靜華，〈從正續《清經解》的比較論清代經學的發展趨勢〉，台北：國立台灣大學中國文學研究所碩士論文，1999年。
夏金英，〈臺灣光復後之國語運動(1945-1987)〉，台北：國立臺灣師範大學歷史研究所碩士論文，1995年。
張志銘，〈上海交通大學研究(1896-1949) ——近代實業教育的搖籃〉，台北：國立政治大學歷史研究所碩士論文，2000年。
張詠維，〈太平天國後的蘇州：1863-1895〉，嘉義：國立中正大學歷史學研究所碩士論文，2008年。
張慧琴，〈國學與救亡，唐文治的生平與思想(1865-1954)〉，台北：國立台灣師範大學歷史學系研究所碩士論文，2012年。
曹秀卿，〈吳稚暉早年經歷之研究〉，嘉義：嘉義大學史地系碩士班碩士論文，2007年。
陳怡伶，〈新知識女性的生命抉擇：陳衡哲的前半生（1890-1936）〉，台中：東海大學歷史系碩士學位論文，2010年。
陳紫屏，〈清代臺灣學海書院研究〉，台北：臺灣師範大學教育學系學位論文，2003年。
王志勇，〈清代書院藏書制度研究〉，山東：山東大學歷史文獻學碩士論文，2008年。
楊一鳴，〈走入民國的書院——書院復興與近代學術傳承〉，台北：東吳大學歷史系研究所碩士論文，2006年。
鄭龍琪，〈清代科舉考生的赴考旅費補助研究——以方志所見的賓興活動為中心〉，台南：成功大學歷史學系碩士論文，2010年。
賴進興，〈晚清江南士紳的慈善事業及其教化理念〉，台南：國立成功大學歷史研究所碩士論文，2005年。
志村雅久，〈中華民國臺灣地區推行國語運動之研究〉，台北：國立臺灣大學三民主義研究所碩士論文，1993年。
孟憲夫，〈黃以周及其思想研究〉，國立中山大學中國文學系碩士論文，2011年。

（五）西文期刊
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Chang, Ku-ming. "Collaborative Production and Experimental Labor: Two Models of Dissertation Authorship in the Eighteenth Century," Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences, 41 (2010), pp. 347-355.
Eastman, Lloyd E. "Ch'ing-i and Chinese Policy Formation During the Nineteenth Century," Journal of Asian Studies,Vol. 24, No. 4 (Aug. 1965), pp. 595-611.
Elman , Benjamin A. "The Hsueh- hai Tang and the Rise of New Text Scholarship in Canton," Ch'ing-shih wen-t'i, Vol. 4, No. 2 (Dec. 1979), pp. 51-82.
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Rankin, Mary B. "‘Public Opinion’and Political Power: Qingyi in Late Nineteenth Century China," Journal of Asian Studies,Vol. 41, No.3 (May, 1982), pp. 451-484.
Woodside, Alexander B. "State, Scholars, and Orthodoxy: The Ch'ing Academies, 1736-1839, " in K.C. Liu ed., Orthodoxy in Late Imperial China . Berkeley and London: University of California Press, 1990, pp. 158-184.
Wooldridge, William C. "Building and State Building in Nanjing after the Taiping Rebellion," Late Imperial China, Vol. 30, No. 2 (Dec. 2009), pp. 84-126.
Zheng, Xiaowei. "Loyalty,Anxiety and Opportunism: Local Elite Activism during the Taiping Rebellion in Zhejiang, 1851-1864," Late Imperial China, Vol. 30, No. 2 (Dec. 2009), pp. 39-83.