十年來無論是整體的台北市府會關係，抑或是該市市長、局長與議會的關係上，其第一屆民選市長陳水扁、與馬英九市長第一任及連任時期的市政府都有差異，而從政黨的角度來觀察台北市十年來的府會關係時，可以發現陳水扁市長時期，議員的質詢態度與本身的政黨有關，當時因為是第一次市長民選，且因為新黨的崛起造成一股母雞（市長）帶著小雞（議員）的旋風，而第七屆市議會泛藍議員三十四位（國民黨－23位、新黨－11位）比當時與陳水扁市長同黨之民進黨籍議員十六位多；第二次民選市長，由國民黨籍馬英九擔任市長，第八屆市議會泛藍議員三十三位（國民黨－23位、新黨－10位）比起民進黨籍議員十六位多。可以看出執政黨議員（國民黨23位）在質詢同黨行政官員的言詞上，的確比在野黨的議員和緩；尤其在質詢行政首長時，更可以看出執政黨議員與在野黨議員間明顯的差異。
但從第八屆議會開始，因有部分局處首長行事風格上的特殊關係，致使在這些具特殊風格官員被詢時所做出的回應產生火花，延燒至第九屆台北市議會一開議後，馬市長必須至台北市議會就該市水資源政策檢討、台北市垃圾清運處理政策、台北市政府「里政改革」提出專案報告，導致不論是否為反對黨或執政黨及同屬泛藍陣營之市議員均產生對市長及市府團隊批評，形成對立；而後又發生SARS傳染病，馬市長還須至議會就「府會關係」專案報告。因之，台北市整體的府會關係受一連串的事件影響，以及議員的政黨背景，確是左右質詢行政首長態度強勢或和諧的重要因素。
以第九屆台北市議會來說，國民黨籍議員有二十一席、親民黨籍議員有八席、新黨籍議員有五席、無黨籍議員一席（但與新黨議員同一質詢組）、民進黨籍議員有十七席，執政黨籍暨泛藍陣營議員占議會席次三分之二，與國民黨籍台北市長馬英九同屬泛藍陣營，而府會間的關係，在第一會期就衝突不斷。
府會關係之重要性來自於府會失和，不僅將使民主政治無法落實，更將使行政首長無法順利推動業務，影響業務至鉅。地方制度在省縣自治法、直轄市自治法於1994年7月29日公布施行後，台灣省政府與省議會之間的府會互動關係，以及直轄市（台北市、高雄市）政府與市議會之府會關係，即因應該行政首長之民選，致牽動府會關係有明顯之不同，而府會關係最主要的理論是分立理論。政黨背景為府會關係最主要的原因之一；也就是說，政府的最高行政首長與議會組成多數成員之政黨，其政黨運作若是相同，則府會關係和諧；若是分屬不同政黨，即有明顯之不和諧。
上述理論可以直接說明1994年第一屆民選市長陳水扁與第七屆台北市議會不和諧之重要原因，卻無法用此理論直接說明馬英九市長與第九屆台北市議會府會關係不和諧之原因；亦即尚有其他原因，所以藉職務之便，想進一步深究府會關係不合的原因所在。
經由學理的了解及身歷其境的觀察，對台北市的府會關係，如以地方自治法制化的機制運作而言，可有下列多項發現，並由此發現提出若干建議，以供未來問政或從事學術研究之重要參考。
根據本研究發現府會關係係為：
一、府會關係之建構係由制度面與運作面所形成。
二、府會關係有對等與不對等之分，其差異在於地方自治機制是否健全及其運作系統之建構模式。
三、府會關係決定市政的發展，亦影響市政建設的規劃與執行。
四、府會關係在地方自治法制化後，已形成政黨政治互動的模式。
五、臺北市的府會關係基本上是動態的，而非靜態的運作模式。

今後改善府會關係之制度面建議，可由下列途徑為之：
一、力行地方府會權力制衡的原則
二、確立黨團協商結果的效力

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