陽明提倡良知教，成為明代學術思想的主流，王學一出，風行天下，造成天下莫不言良知，是以吾人欲掌握明代儒學，必定先求對王門有一清楚的理解。然而，王學雖達到心學理論的高峰，但隨之亦衍生出流弊，並引起當時以及後來學者的批評。
流弊可分為｢法病」與｢人病」兩大部分。思考法病的意義，實大於人病，因為找出法病，便是有在理論源頭止弊的可能。因此找出王學在理論源頭的缺失，對治流弊便有入手處。陽明的理論，有其不夠完滿之處，因此，後人批評王學，在本體上多從「無善無惡」一語出發。雖然就陽明四句教來說，並不構成問題，但從教化的角度來看，確實有壞教的可能。另外，陽明學說，為何會造成王學末流的弊病，這也是王學在理論上，有無法彌縫之處，這恐怕是陽明需要負責的。至於在工夫上，後來的學者多回到以收斂型態的｢敬」、｢主靜」等工夫。因為致良知的工夫，有發散的危險，甚至是蕩越的差失，只談超悟。更進一步說，可能因其工夫無法貞定心體，以致流弊錯出。故後人在反省王學以及流弊的討論，多執此兩大面向展開。
在良知學之外，有儒者以其生命實踐道德，展開不同的教法。如朱子學者代表羅欽順、江門學派的陳白沙與湛甘泉。整菴以理一分殊的思考型態，強調對事物之理的認識。白沙在靜中體悟端倪，期有把柄在手，重視純粹的道德主體。甘泉隨處體認天理，認為格物就在以身至物，較為重視客觀事物。若是從質疑王學以及作為王學參照的角度出發，不論是重視客觀面向，強調存在之理，重視氣的一面，或是求心體之純粹無渣滓，都可提供王學在理論上的不同的思考面向。
至於明末兩大學派，東林學與蕺山學，則可定位為｢對治王學流弊而起之學」，因為彼其所處的時代，正是流弊叢出，收拾不住的年代。故對於流弊的感受特別強烈，也據此展開其說。東林學人，以顧憲成與高攀龍為代表，彼在儒門中，在在強調｢性善」的重要性，以小心知本作為工夫教路；另外，其強調氣節風骨，也有掃蕩明末風氣的正面意義。至於蕺山則是將陽明致知，轉向誠意，是歸顯於密，化念還心的思考，以收斂對治陽明作為顯教可能出現的弊端。故不論是東林學人或是蕺山，都對於如何在源頭上止弊，因其切身的體會而提出相應的說明。
總的來說，陽明學的教法，雖然導致明末流弊的出現，理論上，或有不盡善處，此是吾人在後設討論上的求全責備，但是不因弊端的出現或是理論的不完滿，而減損陽明學的時代意義與價值。另外，不論是甘泉、整菴站在不同系統的學問脈絡上，對王學提出質疑，或是可能的修正，以及東林顧、高二人與蕺山，真實的面對王學的流弊，直接能夠提出救病之方，在在都顯示出，明代儒者對時代學術的回應，以及在學思、實踐勇於承擔的魄力。

一、陽明及後學著作
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〔明〕徐 愛、錢德洪、董 澐著，錢 明編校：《徐愛 錢德洪 董澐集》，江蘇：鳳凰出版社，2007年。
〔明〕鄒守益著，董平編校：《鄒守益集》，江蘇：鳳凰出版社，2007年。
〔明〕歐陽德著，陳永革編校：《歐陽德集》，江蘇：鳳凰出版社，2007年。
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〔明〕聶 豹著，吳可為編校：《聶豹集》，江蘇：鳳凰出版社，2007年。
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四、學位論文
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黃敏浩：《湛甘泉的生平及其思想》，國立臺灣大學中國文學研究所碩士論文，1988年。
曾光正：《東林學派的性善論與工夫論》，國立清華大學歷史研究所碩士論文，1989年。
王財貴：《王龍溪良知四無說析論》，國立臺灣師範大學國文研究所碩士論文，1990年。
胡森永：《從理本論到氣本論──明清儒學理氣觀念的轉變》，國立臺灣大學中國文學研究所博士論文，1991年。
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余建中：《劉蕺山哲學研究》，國立中央大學哲學研究所碩士論文，1993年。
林啟聰：《王龍溪哲學思想之研究》，文化大學哲學研究所碩士論文，1995年。
曾文瑩：《劉蕺山心性學研究》，國立中央大學中國文學研究所碩士論文，1996年。
陳玉嘉：《劉蕺山誠意之學研究》，國立中正大學中國文學研究所碩士論文，1997年。
鄭自誠：《明代前期理學思潮研究》，國立臺灣大學中國文學研究所碩士論文，1997年。
林嘉怡：《明代中期「以氣論性」說的崛起──羅欽順與王廷相人性論之研究》，國立政治大學中國文學研究所碩士論文，1998年。
賴昇宏：《湛甘泉理學思想之研究》，中國文化大學中國文學研究所碩士論文，1998年。
陳正宜：《羅欽順理學思想之研究》，中國文化大學中國文學研究所碩士論文，1999年。
陳佳銘：《劉蕺山的誠意慎獨之學與陽明致良知教之比論》，國立中央大學哲學研究所碩士論文，1999年。
陳啟文：《劉蕺山之道德主體理論分析》，國立臺灣師範大學國文研究所碩士論文，2000年。
傅玲玲：《陳白沙心學之研究》，輔仁大學哲學研究所博士論文，2001年。
王涵青：《劉蕺山對王學的反思與批判之研究》，輔仁大學哲學研究所碩士論文，2002年。
朱湘鈺：《高攀龍心性論研究》，暨南國際大學中國文學研究所碩士論文，2002年。
李宇婷：《湛甘泉哲學思想之研究》，中國文化大學哲學研究所碩士論文，2003年。
張佑珍：《從出世到入世──湛若水對「學宗自然」之闡釋》，國立成功大學中國文學研究所碩士論文，2003年。
廖俊裕：《道德實踐與歷史性──關於蕺山學的討論》，國立中正大學中國文學研究所博士論文，2003年。
陳立驤：《劉蕺山哲學思想研究》，國立成功大學中國文學研究博士論文，2003年。
陳美吟：《高攀龍理學思想之研究》，中國文化大學中國文學研究所碩士論文，2003年。
劉姿君：《陽明入聖二變八階研究》，國立臺灣師範大學國文研究所碩士論文，2003年。
蕭敏如：《東林學派與晚明經世思潮》，國立台灣大學中國文學研究所碩士論文，2003年。
柯正誠：《劉蕺山「盈天地間一氣」思想研究》，中國文化大學中國文學研究所碩士論文2004年。
曾明泉：《陳獻章哲學研究》，中國文化大學中國文學研究所博士論文，2004年。
陳美玲：《劉蕺山道德抉擇論研究》，輔仁大學哲學研究所博士論文，2004年。
王和群：《宋明理學中「意」的概念之研究─以朱子、王陽明、劉蕺山為研究對象》，國立中興大學中國文學研究所碩士論文，2005年。
許錦雯：《羅欽順、王廷相、吳廷翰自然氣本論研究》，國立政治大學中國文學研究所碩士論文，2005年。
喬 娟：《明代中期氣論思潮研究》，蘇州大學中國哲學碩士論文，2005年。
潘玉愛：《王心齋與中晚明儒學的轉折──兼論道德自我與社會人倫的衝突與和諧》，輔仁大學哲學研究所博士論文，2005年。
陳慈惠：《高景逸實學思想研究》，國立政治大學中國文學研究所碩士論文，2005年。
朱湘鈺：《平實道中啟新局──江右三子良知學研究》，國立臺灣師範大學國文研究所博士論文，2006年。
高瑋謙：《王龍溪「見在良知」說研究》，文化大學哲學研究所博士論文，2007年。
唐伯瑜：《晚明顧憲成由王返朱的思想研究》，臺北市立教育大學中國語文學系碩士班碩士論文，2008年。
楊錦璧：《劉蕺山「主意」說到「大統會」思想之研究》，國立中興大學中國文學研究所碩士論文，2008年。
陳百興：《顧憲成之思想與講學》，國立中央大學歷史研究所在職專班碩士論文，2008年。
簡毅銘：《明末清初儒者經世致用之道》，東吳大學中國文學研究所博士論文，2009年。
李唯嘉：《劉蕺山心性學之衡定》，淡江大學中國文學研究所碩士論文，2010年。
李慧琪：《劉蕺山的氣論研究》，國立中央大學中國文學研究所博士論文，2010年。
許慧敏：《陳白沙自得之學研究》，國立中央大學中國文學研究所博士論文，2010年。
羅菀榆：《羅欽順思想研究》，國立中興大學中國文學研究所碩士論文，2010年。
吳銘輝：《明代中期程朱學者的特色》，國立臺灣大學中國文學研究所碩士論文，2011年。
侯潔之：《晚明王學宗性思想的發展與理學意義──以劉師泉、王塘南、李見羅、楊晉菴為中心的探討》，國立臺灣師範大學國文研究所博士論文，2010年。
傅咨銘：《對劉蕺山、方以智、王夫之生命實踐理論之研究──從道器關係為論》，輔仁大學哲學研究所博士論文，2011年。
游騰達：《湛甘泉哲學思想的發展與完成》，國立臺灣師範大學國文研究所博士論文，2011年。
劉清泉：《儒家內聖之學的極致──「宋明理學殿軍」的蕺山思想》，國立清華大學中國文學系博士論文，2011年。
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五、期刊論文
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方國根：〈王畿心學思想的走向和發展──兼論王畿與王陽明後學的異同〉，《中國文化研究》，1999年第2期。
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王汎森：〈「心即理」說的動搖與清末明初學風之轉變〉，《中央研究院史語所集刊》，第65本，第2分（1994年6月）。
王瑞昌：〈論劉蕺山的無善無惡思想〉，《孔子研究》，2000年第6期。
朱 丹、張 琳：〈從本體到工夫：晚明理學思想的創造性轉化──以東林學與劉蕺山為個案〉，《四川教育學院學報》，2003年第5期。
朱人求：〈「六經糟粕」論與明代儒學的轉向──以陳白沙為中心〉，《哲學研究》， 2009年第6期。
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何佳駿：〈羅欽順與王門書信往來探析──以其中所涉格物致知思想為論述焦點〉，《鵝湖》，第350期（2004年8月）。
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